重點(diǎn)研究熱帶邊緣海海洋水圈－地圈－生物圈圈層結構及其相互作用特征與演變規律，探討其對資源形成和環(huán)境變化的控制和影響，發(fā)展具有南海特色的熱帶海洋資源與環(huán)境過(guò)程理論體系和應用技術(shù)。我們將立足南海，跨越深藍。圍繞熱帶海洋環(huán)境與熱帶海洋資源，著(zhù)力突破海洋氣候環(huán)境與觀(guān)測技術(shù)、邊緣海地質(zhì)演化與油氣資源、海洋生態(tài)與生物資源領(lǐng)域的前沿科學(xué)問(wèn)題和關(guān)鍵核心技術(shù)，不懈追求“更遠、更深、更實(shí)、更強”，建成國際水平的熱帶海洋科學(xué)研究、人才培養、成果轉移轉化三高地，從而為發(fā)展我國海洋經(jīng)濟和維護海洋權益做出基礎性、戰略性和前瞻性貢獻。

重點(diǎn)學(xué)科領(lǐng)域：熱帶海洋環(huán)境動(dòng)力與生態(tài)過(guò)程、邊緣海地質(zhì)演化與油氣資源、熱帶海洋生物資源可持續利用和海洋環(huán)境觀(guān)測體系及其關(guān)鍵技術(shù)。

設有熱帶海洋環(huán)境國家重點(diǎn)實(shí)驗室、中科院邊緣海地質(zhì)重點(diǎn)實(shí)驗室（與廣州地化所共建）、中科院海洋生物資源可持續利用重點(diǎn)實(shí)驗室、廣東省海洋藥物重點(diǎn)實(shí)驗室、廣東省應用海洋生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗室、中尺度海洋觀(guān)測（聯(lián)合）開(kāi)放實(shí)驗室和南海深海過(guò)程聯(lián)合實(shí)驗室；有3個(gè)研究室和1個(gè)海洋環(huán)境工程中心。

擁有大亞灣海洋生物綜合實(shí)驗站（國家野外試驗站和中國生態(tài)系統研究網(wǎng)絡(luò )“CERN”站）、海南熱帶海洋生物實(shí)驗站（國家野外試驗站和中國生態(tài)系統研究網(wǎng)絡(luò )“CERN”站）、湛江海洋經(jīng)濟動(dòng)物實(shí)驗站、汕頭海洋植物實(shí)驗站和西沙、南沙深海海洋環(huán)境觀(guān)測站；有“實(shí)驗1”號、“實(shí)驗2”號和“實(shí)驗3”號三艘大型海洋科學(xué)考察船；還擁有南海海洋生物標本館和信息中心。

近50年來(lái)，南海海洋所共取得科研成果663項，獲國家、中科院、部委和省市級成果獎236項；申請專(zhuān)利143項，獲授權專(zhuān)利72項；近年來(lái)發(fā)表SCI論文541篇。典型代表性成果有“南沙群島及其鄰近海區資源環(huán)境和權益綜合調查研究”和“熱帶海洋生物活性物質(zhì)的利用技術(shù)”等。目前主持、承擔973、863、國家基金項目等200余項。與40多個(gè)國家和地區建立了學(xué)術(shù)聯(lián)系與合作，重點(diǎn)發(fā)展與歐、美、日、澳等海洋科學(xué)發(fā)達國家的合作與交流，同時(shí)加強與南海周邊東盟國家的交流與合作。每年承擔咨詢(xún)或院地合作項目150余項。

南海海洋所是全國海洋科研機構首家獲得ISO9002質(zhì)量體系認證的科研單位，擁有國家“建設項目環(huán)境影響評價(jià)資格證書(shū)（甲級）”、“海域使用可行性論證資格證書(shū)（甲級）”、“海洋專(zhuān)項工程勘察甲級證書(shū)”、“計量認證資質(zhì)證書(shū)”等。是中國海洋學(xué)會(huì )海洋物理分會(huì )、廣東海洋湖沼學(xué)會(huì )、廣東海洋學(xué)會(huì )等的依托單位。編輯出版《熱帶海洋學(xué)報》（核心期刊）。曾獲廣東省“文明單位”和廣州市“文明單位”。